Biologia molecolare

L’area di ricerca di Biologia molecolare si occupa di studi che coinvolgono analisi genomiche ed evolutive applicate alle scienze della vita. Il gruppo di ricerca studia, indaga e cerca di dare risposte a diverse domande che ancora non hanno una definizione precisa.

I ricercatori

Cristian Taccioli, Wageesha Yaddehige, Fabio Bove

Linee di ricerca

Intelligenza artificiale generativa per la drug discovery

Sviluppo e applicazione di modelli generativi, Large Language Models e strumenti biofisici per la progettazione in silico di nuove molecole terapeutiche. La ricerca mira a integrare generazione molecolare, predizione strutturale, affinità di legame, drug-likeness e accessibilità sintetica in pipeline computazionali orientate alla scoperta di farmaci.

AI per oncologia computazionale e molecole antitumorali

Sviluppo di modelli di intelligenza artificiale per identificare e generare molecole con potenziale attività antitumorale. Questa linea include lo studio di dati farmacologici e cellulari, la modellazione della risposta tumorale e l’individuazione di nuove vulnerabilità molecolari legate alla cancer evolution.

Genome evolution e comparative genomics

Studio dell’evoluzione dei genomi attraverso database, strumenti computazionali e analisi comparative su larga scala. Questa linea include lo sviluppo di risorse come GBRAP, finalizzate all’analisi della diversità genomica, dell’uso dei codoni, della composizione nucleotidica e delle simmetrie di sequenza nei diversi domini della vita.Sviluppo di database e strumenti bioinformatici

Entropia, simmetrie del DNA e regole genomiche

Analisi delle proprietà statistiche e biofisiche delle sequenze genomiche, con particolare attenzione alla seconda regola di Chargaff, all’entropia, ai k-mer, alla composizione del DNA e ai vincoli fisici che possono contribuire all’architettura dei genomi. Questa linea mira a distinguere le componenti dovute a selezione biologica da quelle emergenti da vincoli fisico-statistici generali.

  Le ultime pubblicazioni del gruppo

Le linee di ricerca conducono la loro attività anche mediante la pubblicazione di articoli rivolti alla comunità scientifica; di seguito si riportano le ultime pubblicazioni del gruppo, le più importanti.

Per visualizzare le produzioni scientifiche dei ricercatori del Dipartimento MAPS è sufficiente visitare il Padua Research Archive, il portale dell'Unversità degli Studi di Padova nel quale sono inserite tutte le pubblicazioni di tutto l'Ateneo patavino.

  • F. Fariselli, P., Taccioli, C., Pagani, L., & Maritan, A. DNA sequence symmetries from randomness: the origin of the Chargaff’s second parity rule. Briefings in Bioinformatics (2020).
  • F. Bove, F. Mandreoli, R. Martoglia, V. Pisi, C. Taccioli, C. Vischioni (2020): VarCopy: a Visual Exploratory Data Analysis Platform for Copy Number Variation Studies. Proceedings of the 24 International Conference Information Visualisation (iV 2020), 2020.
  • Fong, L. Y., Taccioli, C., Palamarchuk, A., Tagliazucchi, G. M., Jing, R., Smalley, K. J., ... & Farber, J. L. Abrogation of esophageal carcinoma development in miR-31 knockout rats. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117(11), 6075-6085 (2020).
  • G. Ghidoni, R. Martoglia, C. Taccioli, C. Vischioni (2020): InstaCircos: a Web Application for Fast and Interactive Circular Visualization of Large Genomic Data. Proceedings of the 24 International Conference Information Visualisation (iV 2020), 2020.
  • Pankratov, V., Montinaro, F., Kushniarevich, A., Hudjashov, G., Jay, F., Saag, L., ... & Võsa, U. Differences in local population history at the finest level: the case of the Estonian population. European Journal of Human Genetics, 1-12 (2020).
  • Fong, L. Y., Jing, R., Smalley, K. J., Wang, Z. X., Taccioli, C., Fan, S., ... & Fiehn, O. Human-like hyperplastic prostate with low ZIP1 induced solely by Zn deficiency in rats. Proceedings of the National Academy of Sciences, 115(47), E11091-E11100 (2018).
  • Guichard, E., Peona, V., Tagliazucchi, G. M., Abitante, L., Jagoda, E., Musella, M., ... & Pettener, D. Impact of non-LTR retrotransposons in the differentiation and evolution of anatomically modern humans. Mobile DNA, 9(1), 1-19 (2018).
  • Ricci, M., Peona, V., Guichard, E., Taccioli, C., & Boattini, A. Transposable elements activity is positively related to rate of speciation in mammals. Journal of molecular evolution, 86(5), 303-310 (2018).